=== Quá khứ

Hội Narzissenkreuz ban đầu là một trại trẻ mồ côi. Bốn đứa trẻ ở đó là anh em Alain - Mary-Ann, anh em nuôi Jakob - Rene (lần lượt từ trái sang phải).

— Rene và Jakob mồ côi sau Cuộc Vây Hãm Poisson

Viện trưởng là một Tinh Linh Nước tên Lyris, được Thủy Thần đời trước giao việc chăm sóc trông nom các trẻ mồ côi. Viện phó là cựu đô đốc Basil Elton. Sau này Lyris và Basil phải ra chiến trường xử lý Elynas - tạo vật của Rhinedottir - nên đám trẻ phải chia tay nhau. Basil gửi bốn đứa cho 2 người bạn thân thuở nhỏ - những người cũng cùng bà lớn lên trong viện mồ côi Narzissenkreuz:

— Gửi Rene và Jakob cho Karl Ingold chăm sóc

— Gửi Alain, Mary-Ann cho Emanuel Guillotin nhận nuôi

Rene và Jakob tuổi teen đi khám phá bên Sumeru, tới được khu vực Trái Tim Amrita - nơi Thủy Thần Egeria yên nghỉ. Tại đây, Rene khám phá ra được sự thật về bản chất của người Fontaine vốn là Tinh Linh Nước Trong. Rene đã khám phá tàn tích của Khaenri'ah, biết được "mô thức thế giới" và sau này dùng nó tính ra được thảm họa đại hồng thủy Fontaine 500 năm sau (cốt truyện Ma Thần Fontaine: Vũ Điệu Của Tội Lỗi). Trong chuyến đi, Jakob đã bị ốm nặng. Rene sử dụng sức mạnh Vực Sâu để cứu Jakob nhưng cũng đồng thời biến cậu ta thành một thực thể siêu việt (Sứ Đồ Vực Sâu)

=== Kế hoạch cứu thế

Rene đã cùng Jakob thực hiện kế hoạch cứu thế để tránh khỏi lời tiên tri, muốn biến toàn bộ người Fontaine tan thành nước và hòa ý thức chung vào một cá thể duy nhất, chờ ngày tái sinh.

Về phía anh em Alain và Mary-Ann. Alain trở thành một nhà nghiên cứu, còn Mary-Ann trở thành Hắc Ảnh Marechaussee. Rene sau chuyến thám hiểm sa mạc cũng đã tới Học Viện Triết Học Tự Nhiên làm việc cùng Alain, bí mật thành lập Hội Narzissenkreuz và lôi kéo được một số nhà nghiên cứu.

Alain có trợ lý là Carter - một người anh nuôi từng sống cùng trại trẻ mồ côi. Carter có thể chất rất yếu, càng lúc càng bệnh. Rene đã dùng Vực Sâu để cố gắng chữa trị cho Carter nhưng trái với Jakob, cơ thể cậu ta không dung hợp được và đã biến thành một bãi thịt bầy nhầy. Biết được hành động của Rene, Alain đã nghỉ chơi với bạn, đường ai nấy đi.

Rene sau đó quay lại Viện Narzissenkreuz - nơi đã chìm trong nước, và gặp lại Viện Trưởng Lyris trong trạng thái suy yếu sau trận chiến với Elynas. Lyris vẫn có đủ quyền năng để phân tách và gộp nhất ý thức con người, nên được Rene mời gia nhập Hội và trở thành Nữ Hoàng Đỏ quan trọng trong kế hoạch.

Tiếp tục thí nghiệm, Rene đã làm nghi thức từ bỏ cơ thể bằng Thánh Kiếm Narzissenkreuz nhưng không thành công. Tin đồn về cái chết của Rene khiến Hội có nguy cơ tan rã. Jakob đã lợi dụng Lyris làm vô số thí nghiệm lên người, khiến họ hợp nhất tạo ra được một cơ thể mới cho Rene (boss nhân dạng nước), chuyển ý thức Rene vào và tạo nên Thánh Chủ Narzissenkreuz.

(Những linh hồn không được hợp vào cơ thể mới của Rene sau này trở thành "tập hợp ô uế" trong nhiệm vụ truyền thuyết của Sandrone - event Nắng Hạ, Về Nhà? Fontinalia! (6.7))

Narzissenkreuz sau đó dùng Thánh Kiếm, đưa một phần ký ức của Carter vào một Hilichurl, tạo nên Caterpillar.

Thánh Chủ Narzissenkreuz đã lui xuống Biển Khởi Nguyên để chờ thực hiện kế hoạch khi đại hồng thủy đến trong tương lai. Trước đó, hắn cử Jakob, Lyris, Caterpillar đến thi thể Elynas để làm một cái scandal phân tán sự chú ý của nhà nước về kế hoạch hòa tan toàn bộ người. Nhưng Alain, Mary-Ann cùng quân đội của họ đã tới Elynas ngăn chặn. Hầu hết những ai tham gia đều đã chết. Mary-Ann bị hòa tan, ý thức hợp nhất với Lyris và trở thành Mary-Ann ở Annapausis. Alain và Jakob là hai người duy nhất còn sống với nỗi đau mất đi người thân. Caterpillar thì vào tù để hối cải.

=== Chuyện của bây giờ

Mãi 500 năm sau, hàng loạt sự kiện xảy ra khiến các nhân vật lại gặp gỡ nhau.

Quest Sắc Màu Cổ Xưa

— NLH gặp chú chó máy Seymour. Được biết Seymour chính là tạo vật Alain làm ra để bảo vệ em gái Mary-Ann trong thời gian làm Hắc Ảnh. Tại đây NLH cũng gặp Jakob - Sứ Đồ Vực Sâu - và ngăn cản âm mưu phá hủy làng Melusine của hắn.

Quest Hỷ Kịch Chưa Hoàn Thành

— NLH đi tù chơi, gặp hai đứa trẻ là Caterpillar và Lanoire. Caterpillar sau khi giúp Lanoire quay về gặp gia đình thì bộc lộ hình dạng thật là Hilichurl và cái tên Carter. Carter lore drop toàn bộ về lịch sử Hội Narzissenkreuz cho NLH.

Quest Ann của Narzissenkreuz

— NLH gặp Tinh Linh Nước Ann và được giới thiệu về Annapausis. Ann nhận ra rằng mình là một phần của Mary-Ann (hiện đang là công chúa Lyris ở Annapausis), và tới trụ sở Hội Narzissenkreuz để đợi câu trả lời.

Quest kết thúc chuỗi: Vết Tích Narcissus

— NLH cùng Ann, Seymour, Caterpillar rèn lại Thánh Kiếm Narzissenkreuz, đi vào Biển Kỷ Nguyên để đánh bại Rene - khi này đã là dạng tiến hóa pro vip Thánh Chủ Narzissenkreuz. Sau trận chiến, Rene nhận ra sai lầm, đã tới Annapausis để gặp Mary-Ann rồi tan biến và yên nghỉ vĩnh viễn tại nơi đây.